جستجوی پیشرفته

   
 
Home ثبت نام پرسشهاي متداول ليست اعضا گروههاي کاربران  
 
 
براي تغيير زبان صفحه كليد EN/FA از كليد Scroll Lock بر روي صفحه كليد استفاده نماييد.
فهرست ژنتيك و نانوبيوتكنولوژي معرفي انواع نشانگرهاي DNA
نمايش پستها:   
      تمام زمانها بر حسب GMT + 4 Hours مي‌باشند  
  ارسال موضوع جديد  پاسخ دادن به اين موضوع

24 اسفند 1386 - 2:32
نويسنده پيام
DVM
كاربر بسيار فعال
كاربر بسيار فعال


عضو شده در: 29 بهمن 1385
پست: 437

عنوان: معرفي انواع نشانگرهاي DNA پاسخگويي به اين موضوع بهمراه نقل قول

تاریخچه RFLP ‌
RFLP‌‌‌‌ اولین‌ بار در سال‌ 1974 به‌ عنوان‌ یك‌ ماركر ژنتیكی‌ توسطGrodzicker ‌و همكاران برای‌ تعیین‌ جهش‌ در ویروس‌ به‌ كار گرفته‌ شد. استفاده‌ ازRFLPبه‌ عنوان‌ ماركر بیماری‌ ژنتیكی‌اولین‌ بار توسطKon ‌و Dozy (1974) برای‌ آنالیز بیماری‌ كم‌ خونی‌ داسی‌ شكل‌ به‌ كار گرفته‌ شد.Botstein و همكاران‌ 1980تئوری‌ پایه‌ این‌ روش‌ را برای‌ نقشه‌یابی‌ ژنهای‌ مرتبط‌ با بیماری‌ درانسان‌ مطرح‌ كردند. Southern روش‌ انتقال‌ الگویDNA ‌و پروب‌ (كاوشگر) از ژل‌ به‌غشاء نیتروسلولزی‌ درRFLPرا ابداع‌ كرد.
Backman‌‌‌‌ (1986) برای‌ اولین‌ بار استفاده‌ از این‌ نشانگر را مطرح‌ نمود. كاربردهای‌ مهم همچون‌ نقشه‌یابی‌ و دستكاری‌ مكانهای‌ ژنهای‌ كنترل‌ كننده‌ صفات‌ كمی‌ با استفاده‌ ازRFLPدر سال‌1983 توسطBackman‌ وSoller بیان‌ گردید. با گسترش‌ كاربرد این‌ نشانگر قدرتمند چند ژن‌ یا ژنوم‌آنالیز شدند تعدادی‌ از گونه‌های‌ دام‌ چون‌ گاو، گوسفند، بز، اسب، خوك‌ و جوجه‌ نیز با استفاده‌ از این‌نشانگر آنالیز شدند
كلیات‌ تكنیك‌
‌‌‌‌مشخص‌ شده‌ است‌ كه‌ ژنوم‌ موجودات‌ به‌ طور طبیعی‌ دارای‌ تفاوتهائی‌ در ردیف‌ بازهای‌ خطی می‌باشند این‌ تغییرات‌ طبیعی‌ كه‌ سبب‌ گوناگونی‌ در افراد یك‌ جمعیت‌ می‌شود چند شكلی‌ ژنتیكی‌نام‌ دارد. اگر این‌ چند شكلی‌ در ردیف‌ بازهایDNA ‌در جایگاه‌ شناسائی‌ آنزیم‌ محدودكننده‌ ایجادشده‌ باشند به‌ راحتی‌ قابل‌ ردیابی‌ استRFLP . وجود الگوهای‌ غیریكسان‌ است‌ كه‌ بر اثر هضم‌آنزیمی‌ یك‌ ناحیهِ خاص‌ ازDNA بوسیلهِ آنزیمهای‌ محدود كننده‌ مشخص‌ می‌شود. این‌ الگوهای‌غیریكسان‌ به‌ علت‌ تفاوتDNA ‌بسته‌ به‌ حضور یا عدم‌ حضور جایگاه‌ آنزیمهای‌ محدود كننده‌بوجود می‌آید این‌ الگوها را به‌ دو شكل‌ می‌توان‌ مشخص‌ كرد .
- هضم‌ آنزیمی‌ و سپس‌ الكتروفوز و استفاده‌ از لكه‌گذاری‌ سادرن‌
PCR فطعه‌ مورد نظر و هضم‌ آنزیمیRFLP‌‌‌‌ مستقیما روی‌ تظاهر ژن‌ از طریق‌ تغییر در شكل‌گیریmRNA ‌و میزان‌ و تعداد نسخه‌برداری‌ تاثیر می‌گذارد.
آنزیمهای‌ محدودگر
‌‌‌‌آنزیمهای‌ برشی‌ دسته‌ای‌ از آنزیمهای‌ آندو نوكلئاز به‌ شمار می‌روند كه‌ یك‌ ردیف‌ اختصاصی از بازها را در درون‌ مولكولDNA ‌دو رشته‌ای‌ شناسائی‌ می‌كنند .
‌‌‌‌در سال‌ 1970 سویه‌های‌ معینی‌ از باكتری‌ كه‌ قادرندDNA خارجی‌ را كه‌ وارد سلول‌ آن شده‌ تجزیه‌ كنند، كشف‌ گردید. چون‌ با این‌ آنزیمها، سویه‌های‌ ویژه‌ای‌ از باكتری‌ قادر بودند كه‌ آلوده‌كنندگی‌ فاژ یا ویروس‌ را كاهش‌ دهند و در واقع‌ زمان‌ میزبانی‌ باكتری‌ را محدود كنند به‌ اسم‌ آنزیم‌محدودگر نامیده‌ می‌شذتد. به‌ دلیل‌ اهمیت‌ این‌ پدیده‌ و نقش‌ كلیدی‌ آن‌ در پیشرفت‌ ملكولی‌ كاشفین‌این‌ آنزیمهای‌ محدودگر سه‌ نفر به‌ اسم‌ آلبر(Albet) )، اسمیتSmith)) ‌)، ناتنز (Nathan)بودند كه‌ موفق‌ به‌ دریافت‌ جایزهِ نوبل‌ شدند ‌‌‌‌در بیشتر مواقع‌ توالی‌ شناخته‌ شده‌ این‌ آنزیمها یك‌ پالیندروم‌ است‌ كه‌ معمولاإ شامل‌ چهار شش‌ جفت‌ باز دارای‌ تقارن‌ دو طرفی‌ است، یعنی‌ از چپ‌ و راست‌ به‌ یك‌ صورت‌ خوانده‌ می‌شود.
‌‌‌‌زمانی‌ كه‌ یك‌ آنزیم‌ برشی‌ بهDNA ‌اضافه‌ می‌شودDNA از بسیاری‌ از مكانها كه‌ از آنها قبلاعنوان‌ سایت‌ برشی‌ یاد شد، شكاف‌ برمی‌دارد و در اصط‌لاح‌ هضم‌ می‌شود. حاصل‌ فرآیند هضم،تعدادی‌ قطعه‌ است، در ذیل‌ چند مثال‌ از آنزیمهای‌ برشی‌ آورده‌ شده‌ است:
‌‌‌‌در روشRFLP ‌ابتدا نمونه‌ای‌ ازDNAرا با یكنوع‌ آنزیم‌ برشی، هضم‌ می‌كنند كه‌ در نتیجه تعداد زیادی‌ قطعه‌ با طول‌ متفاوت‌ بدست‌ می‌آید، سپس‌ این‌ قطعات‌ با استفاده‌ از ژل‌ آگارز ازهمدیگر جدا می‌شوند شناسائی‌ وتشخیص‌ یك‌ قطعه‌خاص‌ با استفاده‌ از كاوشگرها امكانپذیر است‌كه‌ این‌ عمل‌ با استفاده‌ از تكنیك‌ دیگری‌ تحت‌ عنوان‌ لكه‌گذاری‌ سادرن‌ صورت‌ می‌گیرد.
پروب‌ یا كاوشگر
‌‌‌‌قطعهِ خاصی‌ ازDNAرا كه‌ متعلق‌ به‌ توالی‌ از یك‌ ژن‌ خاص‌ یاcDNA می‌باشد، بوسیله آنزیمهای‌ برشی‌ خاص‌ هضم‌ و قطعات‌ حاصل‌ در حاملهایی‌ (پلاسمید) كه‌ توسط‌ همان‌ آنزیم‌محدودگر برش‌ داده‌ شده‌اند جاگذاری‌ می‌شود. این‌ پلاسمیدها جهت‌ تكثیر و نگهداری‌ به‌ باكتریهای‌آزمایشگاهی‌ كه‌ اغلب‌ اشریشا كلی‌ هستند منتقل‌ می‌شوند. كلونهای‌ یاد شده‌ توسط‌ رادیو ایزوتوپها یامواد شیمیایی‌ چون‌ بیوتین‌ نشاندار می‌شود. در صورت‌ وجود همگنی‌ ردیف‌ بازی‌ مشابه‌ بین‌ پروب‌وDNA هضم‌ شده‌ اتصال‌ بین‌ این‌ دو برقرار خواهد گردید.
لكه‌گذاریSouthern‌‌ ‌
‌‌‌‌برای‌ انجام‌ عمل‌ هیبرایداسیون‌ لازم‌ است‌ كه‌ علاوه‌ بر قطعه‌ كاوشگر، قطعاتDNA ‌هضم شده‌ نیز تك‌ رشته‌ای‌ شوند لذا ابتداDNA روی‌ ژل‌ آگارز كه‌ حاوی‌ قطعات‌ هضم‌ شده‌ است‌ درمحلولهای‌ قلیائی‌ مثل‌ اوره‌ یا فرمالدئید یا هیدروكسیدسدیم‌ تك‌رشته‌ می‌نمایند. سپس‌ صفحه‌ای‌ ازغشاء نیترو سلولزی‌ را روی‌ قسمت‌ فوقانی‌ ژل‌ قرار داده‌ و روی‌ آن‌ غشاء مقداری‌ كاغذ جاذبه‌ الرطوبه‌می‌گذارند محلول‌ بافر تانك‌ الكتروفوزر بوسیله‌ فشار اسمزی‌ كاغذ فوقانی‌ بالا كشیده‌ می‌شود و حین‌عبور از ژل‌ به‌ غشاء نیترو سلولزی‌ كه‌ دارای‌ بار مثبت‌ است‌ منتقل‌ می‌گردد. با تسهیل‌ عمل‌هیبریداسیون‌ بین‌ كاوشكر و قطعاتDNA ‌هضم‌ شده‌ در معرض‌ پروب‌ نشاندار رادیواكتیو در نقاطی‌كه‌ همولوژی‌ وجود دارد هیبرید می‌گردد. قطعاتی‌ كه‌ هیبریداسیون‌ در آنها صورت‌ نگرفته‌ است‌ ازمحیط‌ شسته‌ می‌شوند و سپس‌ از غشای‌ نیترو سلولزی‌ در مجاورت‌ فیلم‌ عكاسی‌ اتورادیوگرافی‌بعمل‌ می‌آید پس‌ از ظهور و ثبوت‌ فیلم‌ قطعات‌ ویژه‌ای‌ ازDNA كه‌ با پروب‌ هیبرید هستند به‌صورت‌ یك‌ باند مرئی‌ دیده‌ می‌شود شكل‌ زیر مراحل‌ انجام‌ لكه‌گذاریSouthern ‌را نشان‌ می‌دهد.مزایایRFLP ‌عبارت‌ است‌ از موارد زیر می‌باشد:
- تحت‌ تاءثیر محیط‌ نیست‌ و صددرصد ژنتیكی‌ است‌
- همبارز است‌
- تكرار پذیری‌ آن‌ بالاست‌
PCR-RFLP(PBR)
‌‌‌‌در روش‌ دومRFLP ‌، ابتدا قطعه‌ حاوی‌ جایگاه‌ چند شكلی‌ را با واكنش‌ زنجیرهِ پلی‌مراز واستفاده‌ از دو پرایمر مخصوص‌ كه‌ به‌ همین‌ منظور طراحی‌ شده‌ تكثیر می‌نمایند و پس‌ از هضم‌آنزیمی، الكتروفوز می‌كنند. درPBR جهشهائی‌ از نوع‌ نقطه‌ای‌ و حذف‌ و اضافه‌ كه‌ باعث‌ تغییر درسطح‌ قطعه‌ آنزیمی‌ می‌گردند قابل‌ تشخیص‌ است‌
‌‌فرق‌ لكه‌گذاری‌ سادرن‌ وPBR
‌‌‌‌در RFLPسادرن‌ تنوعDNA‌در داخل‌ یك‌ منطقهKb ‌30 محصور توسط‌ پروب‌ تعیین می‌گردد در حالیكه‌ درPBR تنوع‌ در داخل‌ منطقه‌ای‌ كه‌ از دو طرف‌ به‌ پرایمر ختم‌ شده‌ تعیین‌می‌شود این‌ ناحیه‌ معمولاKb2-0.5است. علاوه‌ بر این‌ درPBRمزایائی‌ چون‌ سادگی، سرعت‌زیاد، عدم‌ نیاز به‌ مواد رادیواكتیو و تكرارپذیری‌ بالا مطرح‌ می‌باشد
‌‌‌‌میزان‌ پلی‌مورفیسم‌ و تعداد آللها درPBR كمترازRFLPسادرن‌ می‌باشد عباسی‌ (1376)نشانگرPBRبرای‌ تشخیص‌ پلی‌مورفیسم‌ در ژن‌ هورمون‌ رشد گاوهای‌ هلشتاین‌ استفاده‌كرد Aggrey‌‌‌‌و همكاران‌ (1999) از ماركرPBR برای‌ تشخیص‌ پلی‌ مورفیسم‌ در ناحیهِ مجاور ژن‌ گیرنده‌ هورمون‌ رشد در گاوهای‌ هلشتاین‌ كانادا استفاده‌ نمودند و الگوهای‌ باندی‌ مختلفی‌ را درروی‌ ژل‌ مشخص‌ نمودند
PCR-SSCP
‌‌‌‌این‌ روش‌ در سال‌ 9891 ابداع‌ شد. زمانی‌ كهDNA‌دو رشته‌ای‌ در روی‌ ژل‌ الكتروفوز حركت داده‌ می‌شود. حركتDNA ‌به‌ اندازه‌ قطعه‌ بستگی‌ دارد بطوریكه‌ مولكولهای‌ كوچك‌ از منافذ ژل‌ به‌آسانی‌ عبور می‌كنند. در الكتروفوزSSCPابتدا از یك‌ مادهِ دناتوره‌ كننده‌ (واسرشت‌ كننده) مانند اوره‌برای‌ تبدیلDNA ‌دو رشته‌ای‌ به‌ تك‌ رشته‌ای‌ استفاده‌ می‌شود.
‌‌‌‌در هنگام‌ راندنDNA ‌تك‌ رشته‌ در ژل، اثر متقابل‌ داخل‌ مولكولی‌ روی‌ می‌دهد. به‌ عبارت دیگرDNA رشته‌ قادر است‌ در بخشهائی‌ با خود باند تشكیل‌ دهد بنابراین‌ حركت‌ مولكولها دراین‌ حالت‌ بیشتر به‌ ساختار مولكولیDNA‌ تك‌ رشته‌ نیز وابسته‌ است‌ (ساختمان‌ سوم)
‌‌‌‌ساختمان‌ سوم‌ در قطعه‌ تك‌ رشته‌ وابسته‌ به‌ توالی‌ كل‌ قطعه‌ است‌ اگر جهش‌ در توالیA ‌رخ‌ دهد ساختار قطعه‌ تغییر می‌یابد. اگر پلی‌ مورفیسم‌ در قسمت‌ آغازین‌ محصولPCR ‌باشدشناسائی‌ آن‌ باSSCP بسیار راحت‌تر است.
PCR-DGGE
DGGE‌‌‌‌ یكی‌ از روشهای‌ مناسب‌ برای‌ آشكار سازی‌ جهشها است. این‌ روش‌ بررسی فرآورده‌های‌ زنجیره‌ پلی‌مراز صورت‌ می‌گیرد. در صورتیكه‌ قطعات‌ رشتهDNA ‌در یك‌ نوكلئوتید باهم‌ متفاوت‌ باشند، الگوی‌ واسرشت‌ شده‌ متفاوتی‌ را نشان‌ می‌دهند. در این‌ روش‌ دو نمونهDNA ‌دردو ستون‌ جداگانه‌ از یك‌ ژل‌ پلی‌اكریلامید كه‌ دارای‌ نسبتی‌ از غلظت‌ ماده‌ واسرشت‌ كننده‌ (معمولافرمامید) است، مورد الكتروفورز قرار می‌گیرد. وقتی‌ مولكولها به‌ سطح‌ بحرانی‌ دناتوره‌ می‌رسند، دورشتهDNA ‌شروع‌ به‌ جدا شدن‌ می‌كنند در این‌ حالت‌ كاهش‌ معنی‌داری‌ در حركت‌ قطعات‌ ایجادمی‌شود. این‌ نقطه‌ به‌ عنوان‌ نقطه‌ ذوب‌ عمل‌ می‌كند و باعث‌ تاءخیر در حركت‌ مولكولDNA ‌جهش‌یافته‌ نسبت‌ به‌ فرم‌ وحشی‌ می‌گردد
DGGE‌‌‌‌ به‌ مواد رادیواكتیو و مواد شیمیائی‌ سمی‌ احتیاج‌ ندارد ولی‌ ابزار پیشرفته‌می‌خواهد درصد تعیین‌ موتاسیون‌ در این‌ روش‌ خیلی‌ نزدیك‌ به‌ 100% است. نوع‌ مشابه‌ای‌ از این‌روشTGGEمی‌باشد كه‌ در آن‌ از حرارت‌ بجای‌ غلظت‌ مواد شیمیائی‌ در ژل‌ استفاده‌ می‌شود. شكلهای‌ پیوست‌ چگونگی‌ انجام‌ تكنیكDGGE ‌را نشان‌ می‌دهد.‌‌‌‌بهترین‌ طول‌ قطعات‌ برایDGGE ‌بینbp ‌150-1500می‌باشد. برای‌ واسرشت‌ شدن‌ كامل قطعات‌ حاصل‌ از زنجیرهِ پلی‌مراز از یك‌ ناحیه‌ حاوی‌ بالاترین‌ دمای‌ ذوب‌ مصنوعی‌ به‌ نام‌GC-clamp استفاده‌ می‌شود نمونه‌ای‌ از استفاده‌ از ماركرDGGEرای‌ یافتن‌ پلی‌ مورفیسم‌ دراگزون‌ ده‌ گیرندهِ هورمون‌ رشد توسط‌ جیGe و همكاران‌ (1999) انجام‌ شده‌ است‌
PCR-ARMS
‌‌‌‌روشARMS ‌روش‌ سریعی‌ برای‌ تعیین‌ جهشهای‌ نقطه‌ای‌ و حذف‌ و اضافه‌ها است. این‌ روش‌ اولین‌ بار توسطNewton ‌و)Groham 1994 (برای‌ آنالیز بازهای‌ متفاوت‌ دروالدین‌ حاوی‌ كمبود آنتی‌ترپیسین‌ و همچنین‌ برای‌ تشخیص‌ والدین‌ ناقل‌ بیماری‌ سیستیك‌فیبروزیس‌ و بتاتالاسمی‌ بكار گرفته‌ شد.
‌‌‌‌این‌ تكنیك‌ براساس‌ طراحی‌ پرایمرهای‌ اختصاصی‌ آللها درPCRمی‌باشد. برای‌ تشخیص یك‌ جهش‌ ویژه، دو پرایمر كنترل‌ در نزدیكی‌ محل‌ موتاسیون‌ برای‌ اطمینان‌ از عمل‌ صحیحPCR ‌طراحی‌ می‌شود. برای‌ تكثیر منطقهِ حاوی‌ جهش‌ نیز یك‌ پرایمر مشترك‌ برای‌ الل‌ موتانت‌ و وحشی‌طراحی‌می‌گردد. دو پرایمر باقی‌ مانده‌ همان‌ پرایمرهایARMS‌ می‌باشد كه‌ باز َ3 آنها به‌ترتیب‌ مكمل‌ توالی‌ الل‌ موتانت‌ و الل‌ وحشی‌ هستند. چنانچه‌ پرایمرARMSدارای‌ َ3 مكملDNA ‌الگو بود، همراه‌ با پرایمر مشترك‌ قطعه‌ ما بین‌ دو پرایمر تكثیر می‌گردد و ما در روی‌ ژل‌ دو باند رامشاهده‌ می‌نمائیم.
‌‌‌‌اگر پرایمرARMSدارای‌ َ3 مكملDNA ‌الگو نبود، فقط‌ یك‌ باند در روی‌ ژل‌ كه‌ حاصل‌ تكثیرمنطقه‌ بین‌ دو پرایمر كنترل‌ می‌باشد، مشاهده‌ می‌گردد. زیرا انتهای‌ َ3 ناجور جفت‌ شدگی‌ دارد وباعث‌ جلوگیری‌ از عمل‌ پلی‌ مراز به‌ جهت‌ دور شدن‌ َ3 آغازگر ازDNA می‌شود آقائی‌(1376) اولین‌ بار در ایران‌ از این‌ نشانگر برای‌ شناسائی‌ جهشهای‌ ژن‌ كاپاكازئین‌ در گاوهای‌ بومی‌ایران‌ استفاده‌ نمودند
AFLP
Zabeau‌‌‌‌ و همكاران‌ (1993) روش‌ جدیدی‌ را تحت‌ عنوان‌ تكثیر قطعات‌ برش‌ یافتهِ انتخاب ابداع‌ كردند كه‌ حاصل‌ آنAFLP ‌است. این‌ روش‌ تركیبی‌ ازPCR وRFLPمی‌باشد. درسال‌1995،Vosو همكاران‌ از این‌ روش‌ برای‌ انگشت‌ نگاری‌ ژنومهائی‌ كه‌ از لحاظ‌ چند شكلی‌ در طول‌قطعات‌ حاصل‌ از هضم، بسیار بهم‌ نزدیك‌ بودند استفاده‌ نمودند
مزایایAFLP ‌
نیاز به‌ پروب‌ ندارد
دمای‌ اتصال‌ پرایمر به‌ الگو بسیار بالاست‌
معمولا غالب‌ است‌ و زمانی‌ همبارز است‌ كه‌ سایت‌ برشی‌ پلی‌ مورفیك‌ كاملا داخل‌ قطعه‌باشد
ریزماهواره‌ها
‌‌‌‌واژه‌ ریزماهوار در سال‌ 1985 بوسیلهJeffery ‌مطرح‌ گردید و مفهوم‌ آن‌ توالیهای‌ كوتاه‌ تكرارشونده‌ در ژنوم‌ موجودات‌ می‌باشد. ریزماهواره‌ها توزیع‌ وسیعی‌ را در اكثر گونه‌های‌ مهره‌داران‌ به‌خود اختصاص‌ داده‌اند معمولترین‌ تكرارها در ژنوم‌ پستانداران، تكرارهای‌ دو نوكلئوتیدی‌CA)n و(CT)n وdG - dT)n ) می‌باشد.
‌‌‌‌تعداد باز موجود در هر ردیف‌ تكرار شونده‌ ممكن‌ است‌ دو، سه، چهار یا حتی‌ بیشتر با برای‌ طراحی‌ پرایمر از خود این‌ نوكلئوتیدهای‌ تكراری‌ استفاده‌ می‌شود.
‌‌‌‌كاربرد میكروساتلیتها به‌ عنوان‌ آغازگر اولین‌ بار توسط‌ لیكفدت‌ و همكاران‌ بحث‌ شده‌ است چون‌ میكروساتلیت‌ها چند شكلی‌ بالائی‌ دارند می‌توانند به‌ آسانی‌ درPCRردیابی‌ شوند. ‌‌‌‌نقشه‌یابی‌ ژن‌ با این‌ ماركر در گونه‌هائی‌ مانند گاو كه‌ بیش‌ از 400میكروساتلیت‌ شناخته‌ شدهدارد، سریعتر صورت‌ خواهد گرفت‌ ‌‌در حالی‌ كه‌ هر دو الل‌ یك‌ مكان‌ ژنی‌ را می‌توان‌ باRFLPمورد تجزیه‌ قرار داد، در میكروساتلیت‌بندرت‌ می‌توان‌ تعیین‌ كرد یك‌ قطعه‌ خاص‌ در حالت‌ هموزیگوت‌ یا هتروزیگوت‌ بوجود آمده‌ است.
از میكروساتلیت‌ برای‌ كشف‌ اشتباهات‌ موجود در ثبت‌ والدین‌ برای‌ نتاج‌ در مراكز اصلاح‌ نژاداستفاده‌ می‌شود و در پیش‌بینی‌ ارزشها اصلاحی‌ بكار گرفته‌ می‌شود. بعضی‌ از مشكلات‌ استفاده‌ ازماهواركها به‌ شرح‌ زیر است.
‌‌‌‌عملیات‌ شناسائی‌ ریز ماهواره‌ها، تعیین‌ توالی‌ بازی‌ آنها و طراحی‌ و ساخت‌ آغازگرها
تهیه‌ نقشه‌ ژنتیكی‌ بسیار پیچیده‌ بوده‌ و مستلزم‌ صرف‌ وقت‌ و هزینه‌ فوق‌العاده‌ است.
‌‌‌‌به‌ علت‌ پلی‌مورفیسم‌ زیادتر از حد ریز ماهواره‌ها كاربرد آنها فقط‌ در رده‌بندی‌های‌ درون گونه‌ای‌ پیشنهاد می‌گردد Lucy و همكاران‌ (1998) از این‌ ماركر برای‌ بررسی‌ پلی‌مورفیسم‌ در ناحیه‌ پیش‌بر(پروموتور) ژن‌ گیرندهِ هورمون‌ رشد استفاده‌ نمودند
STS وALP
‌‌‌‌وجود اختلاف‌ در اندازهِ قطعات‌ حاصل‌ ازPCR كه‌ در آن‌ دو پرایمر هدفمند از توالی‌ ژن بكار رفته‌ است‌ راALP گویند. این‌ اختلاف‌ بیانگر وقوع‌ پدیده‌ حذف‌ یا اضافه‌ شدن‌ این‌ نشانگراست‌ كه‌ اولین‌ بار بوسیله Olson ‌(1989) مطرح‌ گردید.‌‌‌‌برای‌ مشاهده‌ پلی‌ مورفیسم‌ از نوع‌ حذف‌ و اضافه‌ در ALP لازم‌ است‌ كه‌ حداقل‌ 10 جفت‌ بازدر این‌ نوع‌ جهش‌ شركت‌ داشته‌ باشند.
نشانگرRAPD
‌‌‌‌در سال‌ 1990 دو گروه‌ تحقیقاتی‌ همزمان‌ روشی‌ را برای‌ سنجش‌ میزان‌ چند شكلی ابداع‌ كردند یك‌ گروه‌ در شركت‌ دوپونت كه‌ روش‌ خود راRAPD نامیدند و گروه‌ دیگر در موِسسه‌تحقیقات‌ زیست‌ شناسی‌ كالیفرنیا كه‌ روش‌ خود را واكنش‌ زنجیرهِ پلی‌ مراز با پرایمر تصادفی‌Arbitrarily Primed PCR نامیدند.‌‌‌‌در این‌ روش‌ یك‌ آغازگر چند نوكلئوتیدی‌ كوتاه‌ كه‌ بطور تصادفی‌ از توالیهای‌ بازیA ‌انتخاب‌ شده‌ است‌ در مجاور سایر مواد لازم‌ برای‌ تكثیر درPCR قرار می‌گیرد. در این‌ تكنیك‌ چندشكلی‌هایDNA ‌یا از اختلافات‌ موجود در توالیDNA ‌در مكانهای‌ اتصال‌ آغازگر یا از طریق‌دگرگونیهائی‌ كه‌ در اثر اضافه‌ شدن‌ و حذف‌ و انورسیون‌ در نواحی‌ تكثیر شده‌ روی‌ داده‌ است‌مشاهده‌ می‌گردد.‌‌‌‌‌‌اگر مكانهای‌ اتصال‌ آغازگر روی‌ دو رشته‌ الگو، در فاصلهِ مناسبی‌ قرار گرفته‌ باشند،DNA پلیمراز قادر به‌ طی‌ كردن‌ فاصله‌ دو پرایمر اتصالی‌ خواهد بود. در این‌ روش‌ بطور كلی‌ ازآغازگرهائی‌ با طول‌ 9-10نوكلئوتید با حداقل‌ محتوای‌ 50 GC%استفاده‌ می‌شود.
‌‌‌‌ماركرRAPDیك‌ ماركر غالب‌ است‌ و در آن‌ ژنوتیپ‌ افراد هتروزیگوت‌ رانمی‌توان‌ تشخیص داد. این‌ مسئله‌ باعث‌ كم‌ ارزش‌ شدن‌ آن‌ درF2شده‌ است‌ ‌‌‌‌كاربردRAPDدرگونه‌های‌ پستاندار محدوداست‌ وكمتر درمطالعات‌ حیوانی‌ استفاده‌ می‌شودعلاوه‌بر غالبیت، دمای‌ اتصال‌ پایین‌ به‌ علت‌ كوتاهی‌ پرایمرها احتمال‌ وقوع‌ اتصالات‌ اشتباهی‌ را بالامی‌برد. میرحسینی‌ و همكاران‌ (1374) از ماركرRAPDبرای‌ تعیین‌ چند شكلی‌ در لاین‌های‌ كرم‌ابریشم‌ ایران‌ استفاده‌نمود
‌‌‌‌آزادی‌ (1378) با استفاده‌ از این‌ ماركر فاصله‌ ژنتیكی‌ پنج‌ نژاد گوسفند ایرانی‌ را بررسیكرد (3). ولی‌الهی‌ و همكاران‌ (1379) ازماركرRAPD اولین‌ بار برای‌ مطالعه‌ گونه‌ای‌ برخی‌ باربوس‌ماهیان‌ ایران‌ استفاده‌ نمودند
DAF
‌‌‌‌در سال‌ 1991 این‌ تكنیك‌ توسطCaetano-Anolles ‌پیشنهاد شده‌ است. این‌ نشانگر از نظراصول‌ مشابه‌ با روشRAPD ‌می‌باشد و تفاوتهای‌ آن‌ با روشRAPD ‌در طول‌ آغازگر، سیكل‌حرارت‌ مورد استفاده‌ درPCR ، نوع‌ ژل‌ و رنگ‌ آمیزی‌ می‌باشد.
SCAR
Michelmore‌‌‌‌ و همكاران‌ (1993) نوع‌ جدیدی‌ از نشانگرهای‌ مولكولی‌ را كه‌ از روش RAPD مشتق‌ شده‌ بود و مشكلات‌ مربوط‌ به‌ آنها را نداشت‌ ابداع‌ نمودند.‌‌‌‌در این‌ روش‌ قطعات‌ حاصل‌ ازRAPDرا كلون‌ و تعیین‌ توالی‌ می‌كنند و در مرحله‌ بعد آغاز24وكلئوتیدی‌ را كه‌ مكمل‌ انتهای‌ قطعهِ توالی‌ یابی‌ شده‌ می‌باشد را طراحی‌ می‌نمایند. وقتی‌ این‌آغازگر باDNA الگوی‌ اصلی‌ درPCRبه‌ كار رود یك‌ مقرر ژنی‌ كه‌ اصط‌لاحاإ اسكار(SCAR)نامیده‌می‌شود تكثیر می‌شود

منبع: آرش جوانمرد. بررسی چند شکلی ناحیه پروموتور ژن گیرنده هورمون رشد در گاوهای سیستانی. پایان نامه کارشناسی ارشد- دانشگاه تهران
 
      Back To Top  
   ارسال موضوع جديد  پاسخ دادن به اين موضوع

 
شما نمي توانيد در اين بخش موضوع جديد پست كنيد
شما نمي توانيد در اين بخش به موضوعها پاسخ دهيد
شما نمي توانيد موضوع هاي خودتان را در اين بخش ويرايش كنيد
شما نمي توانيد موضوع هاي خودتان را در اين بخش حذف كنيد
شما نمي توانيد در اين بخش راي دهيد


      Back To Top  

صفحه 1 از 1
   
Powered by Ardalan Online © 2004,2005
پشتيباني توسط : مؤسسه پارس نگار